Katedra Św. Jana jest jednym z najbardziej znamienitych zabytków Valetty i całej Malty. Budynek świątyni został skończony w 1577 roku. Charakterystyczną cechą budowli jest prosta fasada, którą oskrzydlają dwie duże wieże dzwonnicze. Surowa bryła sprawia, że świątynia wygląda jak twierdza, która budzi respekt, potęguje nastrój podniosłości i powagi. Zewnętrzny wygląd budynku kontrastuje z barokowym przepychem wewnątrz świątyni. Twórcą wnętrza katedry jest Mattia Preti, artysta wywodzący się z Kalabrii. Zmiana wystroju została wykonana na polecenie Wielkiego Mistrza Cotonera. Kościoły na Malcie miały dorównywać wspaniałym świątyniom z Rzymu.

Rycerze nie skąpili datków, ofiarowywali liczne podarunki o wysokiej wartości artystycznej. Nawa główna ma 53 metry długości i 15 m szerokości. Sufit i ściany zdobią piękne malowidła i rzeźby. Wzdłuż nawy, z obydwu stron rozlokowane są kaplice boczne. Członkowie zakonu pochodzili z różnych państw Europy i byli podzieleni na osiem grup narodowościowo-terytorialnych zwanych – Langues. Poszczególne kaplice zostały przypisane kolejnym langue zgodnie ze starszeństwem. Francuska, włoska i aragońska jako najbardziej znaczące zostały umieszczone najbliżej ołtarza. Warto zwrócić również uwagę na posadzkę kościoła, która wyłożona jest marmurowymi płytami nagrobnymi z licznymi napisami i herbami, pod którymi spoczywają rycerze zakonni.

Jednym z magnesów przyciągających do świątyni jest obraz „Ścięcie św. Jana Chrzciciela”, którego autorem jest Caravaggio. Słynny malarz był przez pewien czas członkiem Zakonu Kawalerów Maltańskich. Dzieło zostało umieszczone w oratorium i przedstawia scenę śmierci Jana Chrzciciela. Obraz jest bardzo mroczny, widzimy konającego świętego leżącego we krwi. Nad jego ciałem pochyla się kat ze sztyletem, który zamierza odciąć głowę Jana Chrzciciela, by ją złożyć na misie podanej przez służącą.

Z oratorium można przejść do przylegającego do świątyni muzeum, gdzie znajduje się kolekcja gobelinów, szat liturgicznych i monstrancji.